Первое летописное упоминание о Москве относится к 1147 году. Как утверждает древнейший  памятник летописания Руси Ипатьевская летопись (XV в.) , в 1147 г. суздальский князь Юрий Долгорукий пригласил на совет в небольшой городок Москву Новгород-северского князя Святослава Ольговича. «Приди ко мне, брате, в Москов», – обращался Юрий к Святославу. Это было первое летописное упоминание о Москве.
Как прошла встреча двух князей, летописи до нас не донесли. Хотя можно предположить, что был заключен военный союз, в результате которого Юрий Долгорукий в целях защиты западных границ Суздальского княжества построил города-крепости: Юрьев-Польский (1152) , Дмитров (1154) и Москву (1156) . В данном случае речь идет не об основании Москвы, а о сооружении крепостных укреплений – деревянных стен, положивших начало строительству Кремля.   

В 1156 г. на Боровицком холме возводится крепость с восьмиметровым валом и мощной по тем временам деревянной стеной, достигавшей 3 м в высоту и 1200 м в длину. Примерно в таком виде укрепление просуществовало до зимы 1237/38 гг., когда полчища хана Батыя разграбили и сожгли Москву, а вместе с ней и Кремль.

За последующие два с лишним столетия много испытаний выпало на долю Москвы и ее цитадели. Княжеские междоусобицы, иноземные нашествия, бесчисленные пожары, казалось, должны были погубить город. Но Москва выстояла, более того, она стала центром, объединившим русских людей в борьбе за независимость.

Вместе с городом растет и крепнет Кремль. В 1339-1340 гг. при Иване Калите возводятся мощные оборонительные укрепления, а за ними хоромы великого князя, митрополичьи палаты, белокаменные соборы. Москва становится политическим и духовным центром Руси, а Кремль – резиденцией великих князей и митрополитов.

В 1367-1368 гг. князь Дмитрий Иванович (впоследствии названный Дмитрием Донским) , опасаясь очередного монголо-татарского нашествия, обносит крепость белокаменными стенами и башнями, расположенными примерно на расстоянии 60 м от прежних дубовых укреплений. Площадь Кремля достигает почти современных размеров.

В Кремле находилась самая древняя московская церковь — Собор Спаса на Бору, или собор Спас-Преображения «что на Бору», построенный к 1330 году, к тысячелетию Константинополя — «Нового Рима». Храм был уничтожен в 1933. Здесь были погребены московские князья и княгини, пока роль усыпальницы не перешла к Архангельскому собору для мужчин и Вознесенскому монастырю (также разрушенному) для женщин. После учреждения Новоспасского монастыря в конце XV собор Спаса на Бору получил статус придворного храма. В результате сооружения Кремлевского дворца в 1830 - 1840-е храм Спаса оказался вписанным во внутренний двор Дворца.

Другим древнейшим сооружением был Чудов монастырь, основанный митрополитом Алексием в 1365, — находился в восточной части территории Кремля, примыкая к Вознесенскому монастырю. Название получил по церкви Чуда Архангела Михаила в Хонех, ставшей впоследствии усыпальницей митрополита Алексия. В 1483 на территории монастыря была сооружена Алексиевская церковь. По распоряжению чудовского архимандрита Геннадия в нее перенесли мощи митрополита Алексия. В 1501-1503 древнюю церковь Михаила Архангела сменил храм, возведенный итальянскими мастерами. В начале XX в подклете Алексиевской церкви была сооружена усыпальница, где погребли останки великого князя Сергея Александровича, погибшего в Кремле в 1905 от рук террористов. Склеп великого князя находился под полом, точно под ракой святителя Алексия. В 1929 все постройки Чудова монастыря были снесены.

Во второй половине XV в. великий князь всея Руси Иван III Васильевич разворачивает в столице молодой и быстро крепнувшей державы грандиозное строительство. В первую очередь, конечно, перестраивается Кремль.

Московский Кремль перестраивается с участием итальянских зодчих и обретает в значительной мере свой современный вид. Центром его стала Соборная площадь с расположенными на ней Успенским собором (1475-79), Благовещенским собором (1484-89), Грановитой палатой (1487-91), Архангельским собором (1505-08) — (усыпальницей русских князей и царей) и колокольней Ивана Великого…

В 1485-95, при Иване III, фортификационные сооружения Кремля перестраиваются. Новые стены и башни, выше и толще прежних, облицовываются красным кирпичом. В 1508-16 на месте современной Красной площади был вырыт ров, вода в который поступала из р. Неглинной. Кремль становится неприступной крепостью, окружённой водой со всех сторон…

К концу XV – началу XVI в. Московский Кремль становится самым значительным фортификационным сооружением в Европе. Причем его башни, соборы, гражданские постройки совершенны не только по своей архитектуре, но и по интерьерам и отделке.
В XVII-XIX идёт активное строительство светских зданий, и Кремлёвский ансамбль получает логическое завершение. В 1635-36 строится Теремной дворец, примыкающий к Грановитой палате. В XVII веке башни Кремля получают ярусные и шатровые завершения, приобретя современный облик. .. К 1702-36 относится строительство Большого здания Арсенала (архитекторы Д. Иванов, Х. Конрад при участии М. И. Чоглокова). В 1776-87 здание Сената (архитектор Матвей Казаков).

В 1812 Москва и Кремль были захвачены армией Наполеона. Отступая, Наполеон приказал заминировать и взорвать кремлёвские здания. Несмотря на то, что большинство зарядов не взорвалось, урон был значительным. Взорваны были Водозводная, Петровская и Первая безымянная башни, серьёзно пострадала Арсенальная башня, пострадали также пристройки к колокольне Ивана Великого. На восстановление разрушений ушло 20 лет, с 1815 — по 1836.

В середине XVIII века возникла идея постройки Большого Кремлёвского дворца, расположенного на южном склоне кремлёвского холма вдоль реки. В разное время его проекты разрабатывали архитекторы В. И. Баженов, М. Ф. Казаков, А. Н. Львов, В. П. Стасов. Но только проекту К. А. Тона в 1839-49 суждено было воплотиться в жизнь. По его же проекту в 1844-51 было построено здание Оружейной палаты.

С приходом Советской власти Кремль стал одним из символов нового строя. В 1935-1937 годах  двуглавые орлы, венчавшие главные башни Кремля: Спасскую, Никольскую, Троицкую, Боровицкую и Водовзводную, были заменены на звёзды из рубинового стекла диаметром 3-3,75 метров. В 1959-61 построен Кремлёвский Дворец съездов (ныне Государственный Кремлёвский дворец).

С 1955 Кремль открыт для посещения, став музеем под открытым небом.
В 1990 Кремль был включён в список всемирного наследия ЮНЕСКО.