Начало монашеской жизни в Марчугах, по некоторым историческим источникам, относится к концу XV века. Соловецкая пустынь в Марчугах основана в 1654 году указом царя Алексея Михайловича и благословением патриарха Никона. Монастырское предание связывает основание пустыни с избавлением царской семьи от мора, свирепствовавшего в этом году по всей Русской земле. Место, удаленное от Москвы на 60 километров, от Соловков – на 1635, исторически именовалось Замосковским Раменцом и входило в состав дворцовой Гвоздненской волости Московского уезда.

Основателем и ктитором Соловецкой пустыни в Марчугах исторические источники называют протопопа Кремлевского Благовещенского собора Стефана Нифонтова. Устроение обители было возложено на братию соловецкого подворья в Москве.

Деревянный храм, стоявший на берегу Москва-реки, пострадал от половодья в 1655 году. В следующем году обитель была переведена в Фаустово на возвышенное место, именуемое Красный холм. В царствование Феодора Алексеевича пустынь находилась в ведении приказа Большого дворца. Именно в это время, в 1670-1680 годы проводилось строительство каменных храмов.

Соборный храм Ново-Соловецкой Марчуговской пустыни освящен во имя Святой Живоначальной Троицы, надвратная церковь – в честь преподобных Зосимы и Савватия Соловецких. Обитель была обнесена деревянными стенами с четырьмя башнями.

В 1699 году по указу царя Петра I пустынь с вотчинами и угодьями была приписана к Соловецкому монастырю. При императрице Екатерине II в 1764 году пустынь выведена из подчинения Соловецкому монастырю. Храмы были переданы в ведение Московской епархии. Из всех строений Ново-Соловецкой Марчуговской пустыни, среди которых были деревянные постройки, сохранились только каменные храмы.

Соборная церковь во имя Живоначальной Троицы строилась в 1670-1680-е годы. В ее облике сочетаются композиционные приемы середины XVII века с белокаменным декором стиля московского барокко. Пятиглавый храм с трехчастной апсидой поставлен на высокий подклет. В нижнем ярусе находится трапезная палата с теплой церковью, освященной в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. Алтарная часть этой церкви, сильно выступающая, придает восточному фасаду ступенчатые очертания. С южной и западной стороны здание окружают открытые галереи на аркадах с деревянным настилом вместо сводов. У северо-западного угла поднимается трехъярусная шатровая колокольня, перестроенная в 1870 году.

Внешний, частично утраченный декор храма, был нарядным и разнообразным: каменные наличники с колонками и фронтонами, роспись на стенах. Парапет гульбища украшали полихромные изразцы, некоторые из них с изображением двуглавых орлов. Тесовые кровли и черепичные главы храма в XVIII-XIX веках заменены металлическими. Иконостасы и вся церковная утварь утрачены.

Церковь преподобных Зосимы и Савватия Соловецких была построена в 1680-х годах в стиле московского барокко. Храм одноглавый, поставлен на открытой террасе над главными вратами. Здание ярусное, ступенчатого силуэта с симметричной композицией. Его украшают муравленые изразцы. Восстановлено утраченное черепичное покрытие главы. Установлен крест XVII века. Научное исследование храмов и частичные реставрационные работы проводились в 1976-1977 годах под руководством С.В. Демидова. В настоящее требуется комплексная реставрация храмов и благоустройство прилегающей территории кладбища.